Au XIXe siècle, de nombreuses techniques manuelles propres au Japon coexistaient sous différentes appellations, la plus connue étant le massage Anma. Mais elles furent largement remises en cause, durant l’ère Meiji, par l’arrivée de techniques occidentales (kinésithérapie, ostéopathie et massage) qui bénéficiaient d’une aura scientifique et se basaient sur une connaissance approfondie de l’anatomie et de la physiologie.
Devant la chute de l’Anma, dont une branche faisait partie de la médecine Kampo, et des techniques manuelles traditionnelles de l’archipel, une contre-réaction naquit pour faire revivre ces arts du toucher. Une publication en particulier fut cruciale dans la genèse de ce mouvement.
En 1827 paraît « Anpuku Zukai » (按腹圖解) par Shinsai Ōta (大田晋齋). Ce livre compile un grand nombres de techniques de massage du ventre issues de l’Anma, mais va au-delà et propose des techniques sur tout le corps. Il aura une grande influence sur tous les praticiens qui voudront faire revivre les arts manuelles au Japon.
Un siècle plus tard, en 1925 sort la 1ère édition du livre « Katei ni Okeru Jissaiteki Kango no Hiketsu » ( 家庭に於ける実際的看護の秘訣, Secrets of Practical Nursing at Home) par Takichi Tsukuda (築田多吉著). Ce livre, mieux connu sous le surnom de « Akahon » (Livre rouge) en raison de la couleur de sa couverture, recense toutes les techniques de soins populaires propres au Japon. Il connaîtra un succès jamais démenti à ce jour (10 millions d’exemplaires) et cumulait en 2007 pas moins de 1619 éditions avec des mises à jour régulières.
En 1928, Kazuma Fukunaga (福永, 間), publie « Chikara ōyō ryōhō » (力応用 療法, Power Therapy) imprimé à frais d’auteur. Il y inclus une annexe intitulée « Shiatsuhō » ( 指圧法, Méthode de Shiatsu) et c’est la toute première fois qu’apparaît le terme « Shiatsu » dans une publication.
Le « Livre rouge » de Takichi Tsukuda ouvre une nouvelle rubrique nommée « Shiatsu », permettant au nom de se faire connaître du public.
En 1939, Kazuma Fukunaga publie sous le nom de plume Tenpeki Tamai (玉井天碧) le 1er livre entièrement dédié à sa création « Shiatsu ryhōhō » (指圧療法) soit « Thérapie shiatsu ». Avec plus de 600 pages, dont une longue introduction à l’anatomie moderne, il est le livre fondateur du shiatsu. Il indique d’emblée sa volonté de n’être pas un simple massage de bien-être mais bien une technique à visée thérapeutique. (Dans la réédition des années 70, le titre est raccourci en « Shiatsu hō » (指圧療法) soit « Méthode shiatsu ». Le titre original n’apparaît qu’à la troisième page). L’auteur insiste également sur la dimension spirituelle du shiatsu pour toutes les personnes qui souhaiteraient se former à cette technique. Dans ce même livre il se décrit comme le fondateur du shiatsu et fait référence à 20 ans de pratique, c’est pourquoi certains auteurs occidentaux datent de 1919 l’invention du shiatsu.
Concrètement, la première clinique utilisant des protocoles de pression des doigts fut ouverte à Muroran (Hokkaido) dès 1925 par Tokujirō Namikoshi (浪越 徳治郎, Namikoshi Tokujirō?). Il appelait sa technique « Appaku hō » (迫壓法). Mais une fois le nom de shiatsu connu, il appréciera cette appellation pour ne plus la quitter.
A partir de là, la pratique du shiatsu s’est ensuite diffusée à travers différents enseignants qui ont perfectionné le shiatsu en fonction de leur propre expérience. C’est ainsi que plusieurs styles sont nés avec des orientations différentes (traditionnelles, énergétiques, intégration de techniques d’ostéopathie ou de chiropractie importées de l’Occident, etc.) (voir section « Les différents styles »).
Mais l’avenir des techniques populaires s’est trouvé bouleversé par la Seconde Guerre mondiale et l’occupation américaine qui importe le système médical occidental au Japon en créant un pont commercial entre le Japon et l’Occident, notamment pour isoler le Japon de l’influence chinoise.
En 1955, Tokujirō Namikoshi et son fils Tōru Namikoshi (浪越 徹, Namikoshi Tōru?) obtinrent pour leur école la licence officielle du ministère de la Santé et du Bien-être japonais. Le shiatsu bénéficie alors d’une grande notoriété grâce à des receveurs célèbres tels que Marilyn Monroe et Mohamed Ali.
En 1964, le ministère de la Santé et du Bien-être japonais distingue le shiatsu du massage.
En Europe, le Parlement européen reconnaît le shiatsu comme une médecine complémentaire digne d’intérêt et invite les États membres à les intégrer. Le shiatsu est ainsi reconnu en Autriche et en Suisse, notamment. En France, l’État reconnaît le titre professionnel de « spécialiste en shiatsu » depuis 2015 et charge le Syndicat des Professionnels de Shiatsu (SPS) de gérer la certification des professionnels.